西九州新幹線の開業で、長崎線の江北（現・肥前山口）－諫早は並行在来線区間となり、運行形態が変わる。運行はＪＲ九州がそのまま担い、線路や駅舎は佐賀、長崎両県が保有して維持・管理する「上下分離方式」に移行する。