長崎ルート暫定開業に伴う並行在来線を巡っては、費用負担のほかに利便性の問題も浮上している。　上下分離方式の採用を決めた２００７年の合意を踏まえ、肥前山口―諫早間は非電化区間とし、特急、普通列車ともにディーゼル車両を用いる前提だった。