住宅品質確保促進法(品確法)では、瑕疵保証と住宅性能表示制度と紛争処理の、３つの構成になっています。
　住宅性能表示制度は任意ですので、双方で合意しなければ出来ません。ただし、施工業者としては同制度が営業上の最需要ポイントになると思われますので、「出来ません」では仕事が取れなくなると思っています。ですから、本来は建築条件付き土地を購入前(できればこの時点で)か、建物の契約する前に条件にした方が良かったでしょう。

　評価は指定住宅評価機関で行います。すでに、建設大臣認定を取得している機関がいくつかあります。
　この制度はプランを検討している段階で内容を説明し、それを設計に反映する必要があります。ただし、等級が高いものが良いとは思わないでください。車でもスポーツカーもあれば、ＲＶやワゴンがあり、自動車としての基本的な部分（建築基準法等）以外は別のように、住宅の建てられる環境や予算、そこまで必要かなど、本来は設計者とよく話し合い納得の上で性能を決めることが大切です。
　同制度で申請する場合は、原則13種類の図書が必要になります。また、費用は評価機関だけで10万円程度はかかります。また、設計も図書作成や申請、現場立ち会いなどで労力と時間がかかりますので、その分の費用を支払うことになります。施工側も立ち会いなどで費用負担が増えますので、その点は考慮してください。
　また、同制度で施工する場合、途中で設計変更すると、場合によっては数種類の性能が変わる可能性もありますので、この制度を利用するには設計段階での十分な打ち合わせが大切になるのです。

　今回の相談では着工寸前ですので、この制度を利用するには時間的に難しい面はあると思います。(普通は確認申請と同時に手続きするし、着工前にしなくてはいけない、その上、手続きや審査にも時間がかかる) 　施工業者と相談してみて、可能性があるのであれば設計者と協議する必要があると思います。
　ただし、品確法の１つである10年間瑕疵保証制度(20年保証もあるが通常は10年間)は、この住宅も該当します。対象は主に柱や梁、土台、基礎など基本構造躯体に関わるところと雨水の浸入です。（私は構造躯体はもちろんとして基礎設計に関わる地盤が問題で、地盤調査をした結果基礎設計することをお勧めしています。）
　ここで大切なことは、瑕疵とは完成時に不具合があって、それが問題を起こした場合を保証すると言うことです。また、この期間内で点検や補修することを前提としてはならないとされていますので、この点をご理解ください。そして、もう一つ重要なことですが、10年の間で工務店が倒産することがあると保証できなくなりますので、できれば各種団体や保険会社の瑕疵担保保険制度の加入有無を確認しておいた方が良いと思います。

　住宅公庫融資の場合は「毎月返済額が月収の5分の1」という基準になっています。足りない分は自己資金を増やすか、民間ローン等を利用する方法がありますが、同居予定の家族（妻や親など）に一定収入があれば、申し込む人の年収と同額まで加えて計算できる収入合算の利用も考えられます。共働き家族や2世帯住宅におすすめです。